AlphaFold3(AF3)를 활용한 단백질 구조 예측에서 모델의 신뢰성을 확보하는 것은 매우 중요합니다. 오늘은 EGFR 구조 모델인 ‘EGFR_AF3_hanjarifold’와 기존 ‘EGFR_AF3’ 모델의 MolProbity 수치를 비교하여, 어떤 모델이 물리적으로 더 타당한 구조를 갖추고 있는지 분석해 보겠습니다. 1. 종합 평가 지표: MolProbity Score 및 Percentile 가장 먼저 확인해야 할 지표는 구조의 전반적인 품질을 나타내는 MolProbity Score입니다. 이 점수는 낮을수록 고해상도 […]
[카테고리:] 실험 실습 탐구
1. 서론 단백질은 생체 내에서 다양한 기능을 수행하는 핵심적인 고분자 물질이며, 생명 과학 연구, 진단, 그리고 의약품 개발에 있어 필수적인 요소이다. 특정 단백질의 기능, 구조, 상호작용을 이해하고 이를 응용하기 위해서는 고품질의 순수한 단백질을 대량으로 확보하는 것이 선행되어야 한다. 단백질 발현 및 정제는 이러한 목표를 달성하기 위한 핵심적인 생명공학 기술로, 지난 수십 년간 비약적인 발전을 […]
참고자료: https://star-protocols.cell.com/protocols/3094 내용을 요약 정리한 글입니다. 올바른 시스템을 선택하는 것이 중요한 이유 단백질 생산은 단순히 유전자를 복제하여 배양하는 것 이상의 복잡한 과정입니다. 단백질의 기능과 구조적 특성을 고려하여 적합한 유전자 발현 시스템을 선택하는 것이 성공적인 결과의 핵심입니다. 잘못된 시스템을 선택하면 원하는 단백질을 얻지 못하거나, 품질이 낮고 비효율적인 생산으로 이어질 수 있습니다. 이 가이드는 여러분의 단백질에 가장 […]
고등학생 여러분, 반갑습니다! 생물학이나 화학 시간에 ‘브라운 운동(Brownian Motion)’에 대해 들어본 적 있나요? 액체나 기체 속에서 작은 입자들이 불규칙하게 움직이는 현상이죠. 교과서 속의 평면적인 설명을 넘어, 실제 분자들이 어떻게 충돌하고 에너지를 전달하는지 직접 시뮬레이션해 볼 수 있는 ‘PROTEINMAKER: Molecular Dynamics’ 도구를 소개합니다. 이 도구는 ‘Hanja-Engine’을 기반으로 물리적 계산을 실시간으로 수행합니다. 🧬 이 도구로 무엇을 배울 […]
1. 개요 최근 생명과학 분야는 생성형 인공지능(AI)의 혁명적 발전으로 인해 근본적인 변화를 겪고 있습니다. 과거의 기술이 정적인 단백질 구조를 예측하는 데 주력했다면, 새로운 AI 모델들은 단백질이 기능하기 위해 필수적인 동적인 특성, 즉 다양한 형태 변화를 예측하는 방향으로 진화하고 있습니다. 본 보고서는 이러한 패러다임 변화를 주도하는 마이크로소프트 리서치의 선구적인 생성형 AI 시스템인 ‘BioEmu(Biomolecular Emulator)’에 대해 상세히 […]
1부: 생성형 AI 기반 단백질 설계의 혁신 사례 분석 1.1. 개요: 단백질 설계의 새로운 시대, AI의 등장 지난 몇 년간, AlphaFold와 같은 혁신적인 딥러닝 모델들은 단백질 구조 예측 분야에 혁명을 가져왔다. 이 모델들은 아미노산 서열만으로 단백질의 3차원 구조를 높은 정확도로 예측함으로써, 수십 년간 생명과학계의 난제였던 단백질 접힘(protein folding) 문제를 사실상 해결했다.1 그러나 이는 본질적으로 자연에 ‘이미 […]
논문 요약: RFdiffusion3 (RFD3) 1. 핵심 개요 워싱턴 대학교 단백질 디자인 연구소(Institute for Protein Design) 연구진이 개발한 RFdiffusion3(RFD3)는 기존 단백질 디자인 모델의 한계를 뛰어넘는 전체 원자(All-atom) 기반의 생성형 확산 모델(Diffusion model)입니다. 기존 모델들이 단백질의 백본(뼈대) 좌표 생성에 집중하고 비단백질 분자와의 상호작용을 간과했던 것과 달리, RFD3는 리간드, 핵산(DNA/RNA), 금속 이온 등 비단백질 원자들과의 상호작용까지 정밀하게 모델링합니다. […]
1 생물 다양성 생물 다양성의 의미: 생물다양성이란 지구의 다양한 환경에 다양한 생물이 살고 있는 것을 의미하며, 생물종의 다양함 뿐만 아니라, 각각의 생물종이 가지는 유전 정보의 다양함, 생물과 환경이 상호 작용하는 생태계의 다양함까지 모두 포함한다. ⑴ 유전적 다양성 ① 같은 생물종이라도 각 개체가 서로 다른 대립유전자를 가져 각 개체 사이에 형질이 다르게 나타나는 것. 종 […]
물질대사 ⑴ 생명체에서 일어나는 모든 화학 반응이다. ⑵ 생명 활동을 유지하는 데 필요한 에너지를 생성하고, 생명체를 구성하거나 생리 작용을 조절하는 물질을 합성한다. ⑶ 물질대사의 반응은 단계적으로 일어나며, 효소가 촉매로 작용한다. ⑷ 물질대사가 일어날 때는 물질의 변화와 함께 에너지의 출입이 일어나므로 물질대사를 에너지 대사라고도 한다. 생명체 밖에서의 화학 반응은 대부분 높은 온도와 압력에서 일어나지만, 생명체에서는 효소가 […]
바이러스의 구조와 특성 바이러스의 생활사 바이러스의 구조 (1) 유전 물질인 핵산(DNA 또는 RNA)이 단백질 껍질에 싸여 있는 구조이다. (2) 종류에 따라 모양이 매우 다양한 형태를 띠고 있으며 세균보다 크기가 작아 세균 여과기를 통과한다. 바이러스의 특성 (1) 바이러스는 일부 생물적 특성이 있지만 비생물적 특성도 있다. 비생물적 특성 – 세포막, 리보솜과 같은 세포 소기관이 없어 세포의 구조를 […]